Příběh začíná 6. února 2036, kdy nehoda zahrnující zběsilé počítače zničí mnoho velkých měst po celém světě. Tato masivní katastrofa se nazývá „Problém roku 2036“, ale existuje předpověď, že k podobnému incidentu dojde i v roce 2038. Skupina vědců proto použije superpočítač Gaia k vytvoření „Simulátoru Země“, aby tomu zabránila, ale selže, protože potenciál lidské porodnosti dramaticky klesl.

Vědci poté do Simulátoru Země zavedou vzorec „Arecibo Message“ a úspěšně přenesou lidstvo do jiného světa. Zpočátku jsou nadšení, dokud si neuvědomí, že lidské bytosti v Simulátoru Země samy vytvořily další Simulátor Země. Vědci začínají tušit, že jsou ve skutečnosti jen produktem Simulátoru Země od tvorů, kteří jsou nad nimi.
Anonymous;Code - Play-Asia.com
Příběh se točí kolem Takaoky Pollona, ??hackera, který má schopnost „ukládat a načítat“ jako ve videohře. Pomocí svého systému Hacking Trigger může zasahovat do světové linie kolem sebe.