V Killing Floor 2 se hráči ponoří do kontinentální Evropy, kde se nezdařený experiment vymknul kontrole, nabral nezadržitelného spádu a ochromil celou evropskou unii. Pouze měsíc po událostech Killing Floor se klonové rozšíří prakticky všude a civilizace je značně roztříštěná. Nelze komunikovat, vlády nefungují a armády byly systematicky vyřazeny. Lidé z Evropy, kteří dokázali se štěstím přežít, se nyní schovávají před hrůzami každodenního světa.